Los alérgenos son un grupo de alimentos cuya composición contiene proteínas que el organismo de algunas personas reconoce erróneamente como dañinas, desatando una respuesta inmune. Aún en concentraciones muy pequeñas, las trazas de alérgenos en alimentos pueden provocar reacciones alérgicas en personas susceptibles. Por ello, una parte importante de sistema de control de calidad en la industria alimentaria es la de monitorear (y evitar) la contaminación cruzada en materias primas y en las líneas de producción, así como declarar correctamente en la etiqueta de sus productos el contenido real o posible contenido de trazas de alérgenos.

El Programa de Control de Alérgenos debe contemplar el monitoreo de superficies, para lo cual pueden utilizarse tiras de flujo lateral, para evaluar presencia o ausencia del alérgeno en cuestión. También se puede realizar la cuantificación del contenido final de alérgeno en las materias primas y productos listos para consumo mediante pruebas ELISA, tiras de flujo latera y sistemas de detección más novedosos  y específicos como PCR tiempo real, el cual detecta ADN y no proteínas. Con estas metodologías se pueden detectar, de manera específica o screening, los siguientes alérgenos:

Sistemas de análisis disponible